Protein kaynağının yalnızca içerdiği protein miktarı değil, vücut tarafından ne kadar sindirilip kullanılabildiği de önemlidir. Bu durum protein biyoyararlılığı olarak tanımlanır.
Yumurta; içerdiği tüm esansiyel aminoasitler, yüksek sindirilebilirliği ve vücutta etkin kullanılabilirliği nedeniyle en kaliteli protein kaynaklarından biri olarak kabul edilir. Anne sütü de yaşamın ilk döneminde yüksek biyoyararlılığa sahip, büyüme ve gelişmeyi destekleyen doğal bir protein kaynağıdır.
Et, tavuk, balık, süt ve süt ürünleri de yüksek kaliteli hayvansal protein kaynakları arasında yer alır. Sütten elde edilen whey proteini (peynir altı suyu proteini) ise özellikle sporcular veya günlük protein ihtiyacını besinlerle karşılamakta zorlanan bireylerde, bir sağlık profesyonelinin önerisi doğrultusunda kullanılabilecek hızlı sindirilen bir protein seçeneğidir.
Kurubaklagiller, tam tahıllar, yağlı tohumlar ve kuruyemişler ise önemli bitkisel protein kaynaklarıdır. Bazı bitkisel proteinlerde belirli esansiyel aminoasitler sınırlı olabilir ve sindirilebilirlikleri hayvansal proteinlere göre daha düşük olabilir. Ancak farklı bitkisel protein kaynaklarının birlikte tüketilmesi (örneğin kuru fasulye ve bulgur, mercimek ve karabuğday gibi) aminoasit dengesini iyileştirerek protein kalitesini artırabilir.
Günümüzde protein kalitesi değerlendirilirken aminoasit içeriği ile birlikte sindirilebilirlik de dikkate alınmaktadır. Dengeli bir beslenme planında yumurta başta olmak üzere kaliteli hayvansal protein kaynaklarına ve uygun şekilde kombinlenen bitkisel proteinlere yer verilmesi, yeterli ve kaliteli protein alımını destekleyen en sağlıklı yaklaşımlardan biridir.